폐유기용매의 경우 금속 또는 염기, 산화제, 가연성물질등과 혼합되면 폭발하거나 발화하는 성질을 가지고 있어 일반 실험폐수와 함께 처리될 경우 안전사고의 우려가 매우 높으며, 자원 재생 및 이용 관점에서 일부는 재이용이 가능하므로 반드시 대학본부에서 별도 지급한 폐유기용매 보관용기에 분리하여 보관해야 한다. 폐유기용매 수거는 전문업체가 월 2회(5일, 20일) 정기적으로 건물별 순회하여 수거하고 있으므로 실험실에서는 수거 일정에 맞춰 폐유기용매 보관용기를 안전하게 운반하여 지정된 장소로 가지고 와서 빈 용기와 교환하면 되며, 운반자는 안전사고 예방을 위하여 반드시 적절한 개인보호구(보호의류 및 보호장갑, 보안면, 고글, 방독마스크, 안전화 등)를 착용하여야 한다.